1992年，中国藏学研究中心和西藏山南地区合作，成立了北京藏医院，是北京地区唯一一所国家级民族医院。时任全国人大常委会副委员长的阿沛·阿旺晋美同志，亲笔为医院题写了院名。1998年经中国中央统战部、国家民委、国家中医药管理局报经国家计委立项易地进行了扩建，新址坐落在亚运村安外小关北里218号，占地面积22亩，一期建筑面积近12000平方米，是“以藏医为主，集医疗、科研、教学和康复为一体，多民族医相结合”的特色医院。
北京民族医院暨北京藏医院是二级甲等医院及医保定点机构。荟萃了中国各主要少数民族医药的精华，有来自雪域高原的藏医、内蒙古大草原的蒙医、云南边陲的彝医、湖南湘西的土家医、广西壮族自治区的壮医、贵州的布依族医以及中医等民族医特色专科23个，是我国各少数民族医药在北京的重要窗口。党和国家领导人曾多次来院视察、指导工作， 并对医院的发展寄予了很大的希望。国际友人，世界卫生组织前总干事中岛宏博士、哈萨克斯坦总理巴尔金·巴耶夫、加拿大第一民族大党主席菲尔方丹等也给予了高度评价。目前，藏医部又从西藏请来了藏医大师措如·次朗、蒙医白亿拉、壮医黄敬伟等一批全国最著名的民族医专家、教授来院亲自坐诊。